In 1937 kwam er van het LA-KNIL de vraag om een metalen bommenwerper. De Glenn-Martin bommenwerpers waren nog niet aan vervanging toe, maar men wilde vanuit Indië wel graag alvast een opvolger voor de toestellen. Omdat dit voor Fokker veel werk kon betekenen, tenslotte waren er meer dan honderd Glenn-Martin bommenwerpers bij de LA-KNIL in dienst, begon men met het ontwerp. Geheel van metaal, daar dit een eis van de LA-KNIL was.

Het toestel werd een modern ogende middendekker, ontworpen door niemand minder dan Ir. M. Beeling. Hij stond ook aan de wieg van de Fokker D.XVII, de Fokker G.1 en nu dus de Fokker T.IX. Voor Fokker betekende de T.IX het eerste geheel metalen vliegtuig, en ook het zwaarste vliegtuig tot dan toe gebouwd.

Doordat in de loop van de tijd nogal wat ontwerpen door de LA-KNIL achteraf waren afgewezen, bijvoorbeeld de D.XVI, de D.XVII en de D.XXI, probeerde men bij Fokker er haast mee te maken en aan de eisen van de klant te voldoen. Het vliegtuig maakte de eerste vlucht op 10 september 1939, iets meer dan een week na het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog. De testvlucht verliep vlekkeloos. Het toestel was uitgerust met Bristol Hercules schuivenmotoren, met regulateurschroeven. Hierdoor was het toestel tijdens de vlucht erg stil. Ook was het een heel stabiel vliegtuig, waardoor de verwachtingen hooggespannen waren.

Ondertussen had de Nederlandse ML ook belangstelling gekregen voor de T.IX als opvolger voor de eigenlijk al verouderde T.V. De onderhandelingen tussen de ML en Fokker verliepen vlot, men was bang om met het prototype te blijven zitten. Ondertussen gingen de vluchten gewoon door. Na de terugkeer van vlucht nummer 50 op Schiphol, klapte het landingsgestel onder het vliegtuig vandaan. Hierdoor maakte de T.IX een draai en zakte het door beide wielpoten. Het had 30 uur en 8 minuten gevlogen. Meer vluchturen zouden er niet bijkomen, de Duitse inval op 10 mei 1940 maakte een einde aan de plannen om de T.IX vliegklaar te maken en de testvluchten af te ronden.

Op 10 mei 1940 stond het toestel zich bij de Fokkerfabriek op Schiphol. De Duitsers vonden het toestel ongerepareerd in de fabriek. Ze sloopten de motoren uit het toestel, omdat deze van Britse makelij waren, en stuurden deze naar Duitsland voor onderzoek. Het toestel lieten ze ongemoeid staan. Later werd het toestel zwaar beschadigd tijdens een geallieerd bombardement op Schiphol. Delen van het vliegtuig heben jarenlang bij de TH in Delft gelegen, net zoals verscheidene andere vliegtuigonderdelen. Helaas zijn al die onderdelen en overblijfselen in 1960 vernietigd. Exit T.IX...

KLM
De KLM had wel belangstelling voor het nieuwe verkeersvliegtuig van Fokker, de F.24. Dit toestel had de T.IX als basis, alleen dan een civiele uitvoering. Er werden ook daadwerkelijk 4 toestellen besteld door de KLM, alleen heeft de oorlog ervoor gezorgd dat deze opdracht nooit gerealiseerd heeft kunnen worden. Het zou de eerste opdracht aan Fokker zijn die met staatssteun werd gesubsideerd, omdat de kosten voor 4 geheel metalen verkeerstoestellen type F.24, Fokker ver boven het hoofd zouden groeien.